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Les entreprises comoriennes relèvent d'abord de l'impôt sur les sociétés (IS) au taux de 35 % (art. 33 du Code général des impôts, CGI). L'impôt ne peut jamais être inférieur à 1,5 % du chiffre d'affaires hors taxes de l'exercice précédent (art. 35). Trois acomptes sont versés les 30 juin, 30 septembre et 31 décembre, chacun égal au quart de l'impôt de l'exercice précédent, et la régularisation se fait au dépôt de la liasse fiscale (art. 38). Les entrepreneurs individuels relèvent de l'impôt sur le revenu des personnes physiques (IRPP), dont le barème progressif va de 5 % à 30 % (art. 97), avec un minimum de 1 % du chiffre d'affaires pour les bénéfices professionnels, porté à 5 % sans numéro d'identification fiscale (art. 98).

Les salaires sont imposés par retenue à la source : l'employeur prélève l'impôt à chaque paie, le mentionne sur la fiche de paie et le reverse au plus tard le 15 du mois suivant à la recette des impôts de son siège (art. 104 et 105). Toute activité patentable paie en outre la patente, composée d'un droit fixe et d'un droit proportionnel, due pour l'année entière et à régler avant le 31 mars (art. 165 et 174). Le droit fixe est réduit de 20 % hors des capitales des îles (art. 166).

L'impôt indirect est la taxe sur la consommation (TC), déclarée chaque mois à la Direction Générale des Impôts (DGI). Le texte de référence est le CGI, édition 2023, qui intègre les lois de finances rectificatives de 2020 et 2022 et la loi de finances 2023.

Sous le régime de la taxe professionnelle unique (TPU), les contribuables dont le chiffre d'affaires cumulé des activités artisanales, agricoles, industrielles, commerciales et non commerciales ne dépasse pas 20.000.000 KMF hors taxes ne paient plus l'impôt sur le revenu (art. 89 et 90 du CGI). La TPU est un multiple de la patente : une fois en dessous de 3.000.000 KMF, deux fois de 3.000.000 à moins de 5.000.000 KMF, trois fois de 5.000.000 à moins de 15.000.000 KMF et quatre fois de 15.000.000 à moins de 20.000.000 KMF (art. 91). Elle se règle en autant d'échéances que le multiple : 31 mars, puis 30 juin, 30 septembre et 31 décembre (art. 92). La TPU impose une comptabilité conforme au système minimal de trésorerie du droit comptable OHADA (art. 99). Au-delà de 20.000.000 KMF, le contribuable relève de la déclaration contrôlée (art. 89).