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À Djibouti, la Direction Générale des Impôts (DGI), rattachée au ministère du Budget, gère l'essentiel des impôts d'une petite entreprise. Le premier est l'impôt sur les bénéfices professionnels (IBP), au taux de 25 % du bénéfice net imposable (article 56 du Code général des impôts, CGI). Il est doublé d'un impôt minimum forfaitaire (IMF) de 1 % du chiffre d'affaires hors TVA, qui ne peut jamais être inférieur à 120 000 FD (articles 57 à 60).

S'y ajoutent la TVA à 10 %, la patente d'activité délivrée à la création de l'entreprise, les cotisations de la Caisse Nationale de Sécurité Sociale (CNSS) et l'impôt sur les traitements et salaires (ITS), que l'employeur retient et verse avant le 10 du mois suivant (loi de finances 2024, article 23). Les dividendes distribués subissent depuis 2024 une retenue de 5 %, sauf s'ils sont inférieurs à 10 millions FD (articles 90F à 90N du CGI).

La réforme la plus récente dont le texte officiel est publié en ligne est la loi de finances 2025 (loi n° 150/AN/24/9ème L du 31 décembre 2024, Journal officiel du 29 janvier 2025). Elle institue une retenue de 0,2 % sur chaque transfert d'argent par télégramme, mobile money ou agent de transfert, sauf sous 1 000 FD (article 10), et exonère de TVA les opérations bancaires à l'exception des commissions (article 12).

Le régime réel simplifié s'applique aux entreprises qui n'ont pas opté pour le réel et dont le chiffre d'affaires annuel reste sous 20 000 000 FD pour la vente de biens, la consommation sur place et les travaux de bâtiment fournissant les matériaux, ou sous 10 000 000 FD pour les autres activités, comme les services et les professions non commerciales (article 36 du CGI). Une comptabilité simplifiée suffit: livre des achats, livre des frais généraux, livre des salaires, livre de caisse et livre d'inventaire (article 43), avec une déclaration de résultat avant le 1er février (article 42). Entre ce seuil et le seuil de TVA, les entreprises non assujetties à la TVA qui ne relèvent pas du régime simplifié paient la taxe sur les biens et services (TBS) de 7 %, réduite à 5 % pour les fruits et légumes, la restauration, les viandes rouges et les poissons (articles 213 et 215). Les jeunes diplômés djiboutiens de moins de 25 ans paient un impôt synthétique de 80 000 FD pendant les deux premières années d'activité (article 62bis).